为实现这一计划，人类必须击败守护‘生命之树’的使徒，也正是因为这个原因，才会有以初号机为代表的兵器，来击溃剩下的使徒。
不过说实话，seele的高层并没有将死海文书完全解读明白，应该说死海文书上记载的内容，和真正发生的事情并不一样，可以说死海文书的内容只是后来人类经过代代口述，然后经过对神的崇敬，美化出来的版本，如果用真实的事件去记录当时所发生的一切，肯定会有很多地方和神话传说不符，比如说神并不爱人类，神并非有节操，神只不过是个宅男，一个吃饱睡，睡醒了吃的年轻人而已，他甚至没有想过帮助任何生物以及人类，甚至没有创造过所谓的世界。
但死海文书有一些地方所记载的没错，那就是上面所记载的预言，按道理来说，因为雷哲的关系，2000年所发生的事情应该看作第三次，更早的一次是发生在世界之初，那会是正儿八经的神话时代，天使，神，魔鬼，以及人类共存的时代。
那个时代的人类所拥有的科技，甚至比现在还要发达数千年乃至上万年，传说中的亚特兰蒂斯就属于那个时代人类的产物，只不过在第一次冲击中，亚特兰蒂斯，以及所有的天使，魔鬼都消失殆尽，留下的只有残缺的古卷，这是比死海文书还要古老的卷轴，应该说死海文书就是翻译这古卷后的结果。
在古卷中，天使，魔鬼，神，亚特兰蒂斯的灭亡，被称为第一次冲击，但最终并没有被记载下来，古卷中还记载着接下来所会发生的事情，比如说后来所谓的第一次冲击的‘大洪水’，也有人说第一次冲击导致恐龙灭亡，各种说法并不统一。
第二次冲击就是2000年，亚当解除封印时产生的灾难，而第三次冲击，就是最后的补完计划，让人类重归神的怀抱，或者说让人类成为这个世界新的神灵。
不过应该怎么说，剧情的主角的确是碇真嗣，凌波丽，明日香，但在雷哲看来真正贯穿整个故事发展的人，却是只出现回忆中的女人，碇唯。
更详细地说，把碇唯说成是具有知性美的圣母也毫不为过，她生性淡薄于一切，平和于人生。
她在一起，能够让人心底宁静，碇源堂之所以爱她如此之深，就是因为碇源堂一生充满了利用与利用，只有在碇唯这里，他才可以获得心灵的宁静。
虽然不想去改变整个剧情，但雷哲却很想见见这个女人，虽然说碇源堂最终的愿望就是进入eva见到碇唯，但他最终也没实现这小小的愿望，因为这必须和亚当融合，或者说进行补完才可以做到，不过这种事对雷哲来说并不困难，因为不管是精神世界，灵魂世界，还是物质世界，他都能来去自如，当然只是稍微麻烦一点而已。
……
眼前的世界，的确是自己当初制造出来的天空城，只不过其它生物将这里称呼为‘伊甸园’，神所居住的地方，说实话当初雷哲并没说明自己的身份，但也许是因为力量最强大的关系，不知从什么时候起，智慧生物就称自己为‘神’。
其实抛开《反叛的鲁鲁修》那个变成自己掌中神国的世界，这里才是雷哲第一次掌握的世界，他就是这个世界的管理者，而也从这个时候开始，他才真正算一个‘真神’，只不过他的情况依然有些特殊，那就是这个世界是从阿礼所冒充的真神中以决斗的方式赢来的，也就是说这是他的私有财产，如果没有意外，这个世界也将成为继《反叛的鲁鲁修》外，雷哲所拥有的第二个掌中神国。
而他在这个世界也不再是平凡的管理者，他有权力去改变世界的进程，走向，发展，以及所有的一切，他可以把这个世界变成魔幻世界，变成仙侠世界，变成科幻世界，变成任何他想要的世界，原本这种世界养成是很不错的游戏，而雷哲最开始也的确想要把这里改编成自己所希望的样子，可结果却让他很悲催，就连他自己都说，他是有史以来最倒霉的真神，有谁能想到他会被自己世界的生物联手给封印起来？
这周围的世界并非初号机的精神世界，而是碇唯所幻化出来的，就跟之前所说的，亚当的灵魂在那个胚胎的分裂体中，其他的三个分身中不存在任何精神与灵魂，当碇唯跟初号机的同步达到400%后，她的**就被初号机给吞噬，而灵魂也与对方融合，因为初号机是空白状态，这让在融合后，她的灵魂占据主导权，虽然她能影响初号机很小的一部分，但关键时候还是能发挥出不少的作用。
“话说，你怎么知道这场景的？初号机应该没有亚当的记忆才对，不是吗？”雷哲站在碇唯的面前这样问道，按道理来说初号机并没有任何记忆，就算碇唯真的与对方融合，也不会窥探到这些才对，所以雷哲表示有些好奇。
怀中抱着一个熟睡的婴儿，碇唯抬起头看向雷哲，接着她手中的婴儿消失，原来那只不过一个幻象，是碇唯自己幻化出来刚出生时的碇真嗣，看来她真的很爱自己的儿子。
“这一切，我并非从亚当那里知道，而是从另外一个人，也许他你很熟悉，那个人叫撒旦。”碇唯这样说道，不过她的话刚说完，站在自己面前的雷哲气息瞬间改变，虽然还是带着笑容，但那淡淡的杀意却开始向外蔓延，甚至如同触手一样悬浮在碇唯的周围，甚至有点想要把对方缠住，撕碎一样。