所以身为总指挥的布莱恩博士便实行了第二套方案，那就是开启“自闭”模式。
让所有基地之间彻底断绝所有联系，防止渗透，等到末世来临，七大恶魔降临，便就是基地重见天日之时，那时候，才能以保留下来的全部力量对抗那些邪恶之物。
后来，不知什么原因，就在十多年前布莱恩忽然终止了所有项目，并派出传达人员亲自给所有基地传达了最后一道讯息，那就是所有基地启动自毁程序，销毁一切与黑光病毒有关的事物！
然而就在那一天，本该下海给位于此处的深海基地传达自毁信息那几名传达使，却意外的遭遇到了降临派教会暗影杀手的埋伏袭击。
如果被抓回去，必定会被这些教会的诡异仪器套出所有基地的位置。
虽然基地都启动了自毁，但就算是被找到了基地残骸，也可能降临派会从中提取出对影响大局的事物。
所以这一队传达人员纷纷宁死不屈，在即将被敌人抓住之前，启动船上的炸弹把自己炸碎，大脑一点也没有保留，葬身于大海当中。
至于传达自毁的这个信息，也跟随着他们葬身鱼腹……
正是因为这些巧合，这座深海基地才存留至今，他们现在还不知道其它基地此时的情况，以为还在实行第二套“自闭”方案。
于是，基地里的这些人便过起了长达十几载，彻底与世隔绝、没有增援的日子。
渐渐的，储备食物吃光了，但他们还可以利用基地的黑科技净水装置以及潜艇等设施，来保持自给自足。
刚开始还好，但随着食物的单一缺乏以及与世隔绝的孤独，首先是身体较弱各个研究员开始大量得精神疾病、发疯、败血症等等情况，本来有些人试图逃跑逃离深海基地，但都被严厉执行布莱恩命令的黑色守望驻守部队给制止或者处决了。
到最后，无一研究员存活下来……
而经受过各种磨炼的黑色守望士兵们，则也经受不住这长久的折磨，也开始不断有人发疯、自虐、甚至是杀人发泄。
于是这座深海基地的驻守部队便分成了两个派系，一个是立场没有那么坚定，打算集体逃离这座犹如地狱般基地的反叛军。
另一半，则是坚守布莱恩命令，也就是包含着现在潜艇内的这几名黑色守望士兵。
那时基地中，这两个派系因为立场不同，而发生了内斗，战况极其惨烈、悲壮，也颇为讽刺……
最后胜利的，还是决定留守在基地，保护设施的那一派系……