解决掉了4B，抢夺目标便脱离了轨道掉向地球，成为一道流星划过漆黑的天空。一位少年仿佛已经知晓这件事，早早的等待着她。
画面一转，明日香醒来，但是她醒在一个容器里，还在迷糊的状态下的她就直接被台上担架运往未知的地方，而在她的右脚脚底写着“实验体-AFH-three”的字样。
此时，一位少女打破了平静，她问明日香能否听懂她说的话，而明日香只想知道这里是哪，问到“请问，这里是哪啊？”
少女没有回答，只是向在无线电另一端的上头反应了明日香现在的情况，然后拿了一块镜子让明日香看，问到“你能认出这是谁吗？”
明日香：这，是我。
少女继续向上头反应明日香的现状，这时明日香想起来自己是在救绫波，然后问绫波在那里，少女依然没有回答，继续向上头反应情况。明日香发觉自己脖子上带着一个不知道的项圈，随着时间的流过，通过狭长的隧道，明日香被送到一个奇怪的地方。
少女：报告舰长，实验体-AFH-three带过来了。
舰长说把束缚解开，解开束缚的明日香从担架上下来了，明日香环顾四周，这里类似一个巨大机器的启动平台，但看到人时，他们投来的眼光却是充满恨意的。此时明日香看到了两个熟悉的身影。
明日香：美里，赤木博士。
美里：惣流-明日香-蓝格雷，对吧。
赤木：是的，不论从那个角度来看，她都和第二少女完全一致，但是深层同步率结果还没出来。
美里：颈部的DSS项圈呢。
赤木：已经给她戴上了，葛城舰长。
明日香：葛城舰长，果然是美里。
这时戴在明日香脖子处的项圈显示出一个个奇怪的符文。
赤木：项圈运行正常，密码已经设置成为舰长专用的了。
美里：嗯。
明日香想要把项圈拿下来，但少女告诉她绝对不能拿下来，美里让少女把明日香送到隔离室里，但在这时系统发出警报，识别类型为蓝色，确认目标，代号4C，是湮墨西斯系列。确认目标的具体位置，企图将美里他们困住，美里说现在不是离开的时候，要直面敌人，下令取消作战准备，直接进行系统启动，以保护初号机为最优先。